海洋生態(tài)保護與建設(shè)子系統(tǒng)主要用于開展保護區(qū)建設(shè)管理、生態(tài)環(huán)境評價及項目管理；海洋生物物種信息、海洋保護物種信息、海洋入侵生物物種信息的管理，海洋生物多樣性評估；典型生態(tài)系統(tǒng)信息及生態(tài)狀況評價；生態(tài)修復(fù)項目的申請審批及成果管理；生態(tài)紅線管理評估與建設(shè)項目預(yù)警；生態(tài)文明示范區(qū)申請審批與管理成效評估；海洋生態(tài)補償項目和生態(tài)損害賠償項目管理等工作。

海洋生態(tài)保護與建設(shè)子系統(tǒng)包括海洋保護區(qū)建設(shè)與管理、海洋生物多樣性保護、海洋生態(tài)系統(tǒng)保護、海洋生態(tài)紅線區(qū)管理、生態(tài)文明示范區(qū)管理、海洋生態(tài)補償/賠償管理6個一級功能模塊。